A estrutura curricular do Programa é o conjunto de componentes curriculares que possibilitam a estruturação do percurso formativo do pós-graduando não de forma necessariamente sequencial, abrindo assim outras possibilidades, estrutura esse compreendida no Projeto Pedagógico e Projetos Acadêmicos da Instituição e dos Docentes, aprovado institucionalmente pelo Instituto de Arquitetura e Urbanismo e pela Pró-Reitoria da Universidade de São Paulo. A missão e objetivos do Programa são alcançados tendo em vista a articulação das disciplinas regulares e tópicos, a disciplina de preparação pedagógica, bem como as formas de avaliação de desempenho acadêmico dos discentes.

Na estrutura curricular do Programa as disciplinas regulares são concebidas como disciplinas de formação. Elas visam estabelecer bases conceituais para a compreensão das teorias e das práticas da arquitetura e do urbanismo em suas dimensões históricas, sociais, econômicas, tecnológicas e culturais, bem como as interações entre a prática da arquitetura e do urbanismo e o desenvolvimento tecnológico.

Além das disciplinas regulares, há as disciplinas tópicos, de estrutura e duração flexíveis, com o objetivo de estimular à interlocução entre áreas e linhas de pesquisa, além de permitir que se ofereçam conteúdos relativos a temas e pesquisas emergentes, resultantes de novos desdobramentos de projetos de pesquisa de docentes, grupos de docentes e redes de pesquisa nacionais e internacionais. Essas disciplinas têm permitido a participação de docentes de outras instituições, nacionais e internacionais como docentes convidados, prática frequente no programa.

O Programa oferece ainda a disciplina de preparação pedagógica que se constitui como uma das exigências para a realização do Programa de Aperfeiçoamento de Ensino – PAE. Essa disciplina possibilita a incorporação das dimensões necessárias à compreensão do corpo de conteúdos disciplinares de um curso de graduação, bem como ao ensino e pesquisa na área de Arquitetura e Urbanismo e suas especificidades técnicas, teóricas e/ou historiográficas.